När de jobbar under jord med att laga en stor vattenledning, transporteras två rörmokare från Brooklyn; Mario och hans bror Luigi, ner genom ett mystiskt rör och hamnar i en magisk ny värld. Men bröderna blir separerade, och Mario ger sig ut på ett episkt äventyr för att försöka hitta Luigi.
Med hjälp från en av Svamprikets invånare, Toad, och lite träning från den viljestarka drottningen av Svampriket, Prinsessan Peach, hittar Mario kraften inom sig.